Oddelenie fyziológie tráviaceho traktu sa orientuje predovšetkým na základný výskum tráviacich a metabolických procesov u rôznych druhov hospodárskych zvierat so zreteľom na mikrobiálne, molekulárne a fyziologické mechanizmy. Oddelenie spája tri laboratóriá – Výživy a trávenia, Živočíšnej mikrobiológie a Mikrobiálnej genetiky – čo umožňuje interdisciplinárny prístup a integrované štúdium interakcií medzi organizmom, krmivom a črevným mikrobiómom. Výskum je orientovaný na zvyšovanie účinnosti využitia živín a redukciu environmentálnej záťaže zo živočíšnej výroby. Medzi skúmané témy patrí aj selekciu prospešnej mikrobioty, najmä mikroorganizmov produkujúcich antimikrobiálne pôsobiace bielkovinové (postbiotické) substancie- bakteriocíny, ktoré spolu bioaktívnymi látkami prírodného pôvodu majú potenciál obmedziť šírenie antimikrobiálnej rezistencie. Tento prístup integruje poznatky z bunkovej a molekulárnej biológie s aplikačnými stratégiami pre udržateľný chov hospodárskych zvierat.
