Výskumné záujmy
Laboratórium mikrobiálnej genetiky sa zameriava na štúdium variability a genetiky bachorových mikroorganizmov. Popísali sme pre vedu nové druhy treponém a aktinobaktérií. Podrobnejšie sme sa venovali genomike a najmä mobilomike vybraných baktérií. Charakterizovali sme genómy viacerých mobilných génových elementov – plazmidov, transpozónov, bakteriofágov a analyzovali sme ich úlohu v prenose génov rezistencie voči antibiotikám. Ukázali sme, že plazmidy Selenomonas ruminantium predstavujú novú triedu RCR plazmidov. Študovali sme faktory ovplyvňujúce zloženie mikrobiálneho ekosystému bachora, najmä produkciu bakteriocínov. Charakterizovali sme veľký tepelne labilný bakteriocín enterolyzín A. Dokázali sme, že tento bakteriocín hydrolyzuje bunkové steny senzitívnych baktérií, pričom rozpoznáva a viaže sa na molekuly kyseliny lipoteichoovej a je použiteľný ako nové terapeutikum pre liečbu enterokokových infekcií vo veterinárnej i humánnej medicíne.
Hlavnou oblasťou výskumu je genetická ekológia a šírenie génov antibiotickej rezistencie. Študujeme genetickú ekológia génov rezistencie voči antibiotikám a rolu voľne žijúcich drobných cicavcov (Apodemus, Clethrionomys, Sorex spp.) ako rezervoára rezistencie voči antibiotikám (ESBL, plazmidovej chinolónovej rezistencie, karbapenemáz) u indikátorových baktérií Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa a Staphylococcus spp. Ďalej študujeme antibiofilmovú aktivitu prírodných látok (biosurfaktantov a bezbunkových extraktov z laktobacilov) s využitím modelu statického a dynamického biofilmu na rôznych povrchoch (plasty, materiál katétrov a potravinársky nerezový plech).
Prístrojové vybavenie
- Kapilárový mikroelektroforetický systém Agilent 2100 pre automatickú elektroforetickú analýzu DNA, RNA a proteínov na čipe, s možnosťou jednoduchej flow-cytometrickej analýzy.
- MALDI TOF – Biotyper firmy Bruker na bakteriálnu diagnostiku a stanovovanie biodiverzity baktérií a kvasiniek na základe bielkovinových spektier.
- DCode Universal Mutation Detection System firmy BioRad s rozšírením pre DGGE analýzy.
- CHEF-DR III Systém pre pulznú elektroforézu.
- ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer pre sekvenčnú analýzu s rozšírením pre fragmentačnú analýzu.
Zoznam pracovníkov
Zuzana Alexiová
RNDr. Dobroslava Bujňáková, PhD.
Ing. Ľudmila Hamarová, PhD.
MVDr. Lívia Karahutová, PhD.
RNDr. Anna Kopčáková, PhD.
Doc. RNDr. Peter Pristaš, CSc.
MVDr. Viola Strompfová, DrSc.
MVDr. Lucia Štempelová, PhD.